- Oggetto:
- Oggetto:
attività libera per Farmacia "Utilizzo banche dati e sistemi bioinformatici per lo studio di proteine ed acidi nucleici
- Oggetto:
Anno accademico 2010/2011
- Codice dell'attività didattica
- FAR 0003
- Docente
- Prof. Franca Cecilia VIOLA (Titolare del corso)
- Crediti/Valenza
- 1 CFU
- SSD dell'attività didattica
- BIO/10 - biochimica
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Apprendere l'utilizzo delle principali banche dati biochimiche e di biologia molecolare per lo studio delle macromolecole biologiche, sperimentare alcuni programmi bioinformatici per l'analisi di proteine ed acidi nucleici.
- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
Capacità di reperire informazioni , confrontare strutture e proprietà delle molecole biologiche.
- Oggetto:
Programma
PARTE I
Indirizzi di alcune banche dati utili e crezione di una cartella nei preferiti di explorer contenente gli indirizzi
Principali risorse NCBI
Utilizzo di BLAST
Esercitazione pratica:
Data una breve sequenza aminoacidica individuare la proteina umana in cui detta sequenza compare e descriverne le caratteristiche strutturali e funzionali, cercando le informazioni reperibili in banche dati: FUNZIONE, PESO MOLECOLARE, PUNTO ISOELETTRICO, POSSIBILITA’ di ottenere FRAMMENTI mediante reattivi o proteinasi (utilizzando il programma “peptide cutter”). Se la proteina è un enzima, utilizzando la banca dati BRENDA indicare substrato e prodotto della reazione enzimatica, Km ed almeno un inibitore (e relativo riferimento bibliografico).
Utilizzando il programma di allineamento Multalin eseguire l’allineamento con le proteine omologhe di almeno un altro mammifero e, se presenti, di un fungo e di un batterio e riportare nella relazione la sequenza consenso più lunga.
PARTE II
Banca dati OMIM e banche dati di genomi completi
Esercitazione pratica:
Cercare la proteina individuata nella prima parte nella mappa del genoma umano (NCBI) ed individuare il cromosoma ed il nome del gene . Utilizzando nome e sigla del gene cercare l'esistenza di un gene omologo nei genomi di topo e ratto ed indicare su quali cromosomi il gene è situato in questi genomi.
Riportare i riferimenti bibliografici principali riguardanti il gene e la struttura della proteina se nota. Indicare, se note , mutazioni del gene osservate in situazioni patologiche.
Cercare la sequenza del mRNA o la sequenza codificante e progettare dei primers adatti per l’anplificazione in PCR (utilizzando il programma PRIMO od altro programma per la progettazione di primers, indicando le relative estremità 5’ e 3’ e la Tm.
Allineamento di sequenza codificante e primers per individuare le posizioni a cui i primers si legheranno sulla sequenza codificante e riportarle nella relazione.
Analisi della struttura del cDNA con il webcutter e siti unici di restrizione.
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
Note
L'attività libera per l' anno accademico 2010-2011 si svolgerà nei giorni:
Venerdì 03/12/010 ore 9-12,30 - ore 14-18
Venerdì 10/12/010 ore 9-12,30 - ore 14-18
Venerdì 17/12/010 ore 9-12,30 - ore 14-18
AVVISO IMPORTANTE:
Alla voce avvisi ( comunicazioni relative ai corsi) e sulla pagina personale della Prof. Viola è possibile vedere l'elenco degli studenti che si sono registrati e la suddivisione in turni.- Oggetto:
